İlçenin tarihi oldukça eskidir. Hititler, Frigler ve Romalılara ait eserler bulunmaktadır.
Altınekin’in eski adı suyu bol anlamına gelen “ZIVARIK”tır. Roma devrinde Pegella adında büyük bir kent olan Altınekin en parlak dönemini Selçuklular zamanında yaşamıştır. Bu dönemde büyük bir ticaret merkezi olan ilçe, Sarnıç Hanı ve Zıvarık Hanı ile yolculara büyük hizmetler vermiştir. Bu dönemin en önemli eserlerinden biri de Ali Paşa Camii’dir.
Altınekin, Selçuklular zamanında önemli ve parlak bir ticaret merkezi idi. Fakat Altınekin arazisinin kıraç oluşu gelişmiş olan ticaretini göçlerin başlaması nedeniyle yavaş yavaş söndürdü. Cumhuriyet Döneminde genelde tüm kamu kuruluşlarıyla birlikte gelişmiş bir yerleşim merkezi iken, bu kurumlar daha sonra başka bir yere taşınmasıyla birlikte küçük bir nahiye halini almıştır. Daha sonra Altınekin 4 Temmuz 1987 gün ve 19507 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 3292 Sayılı Kanunla ilçe olmuştur. İç Anadolu bölgesinde olması nedeniyle karasal iklim kuşağı içindedir.
